Koncem roku 1944 a začátkem roku 1945 postupovala fronta stále víc na západ a nenávratně zatlačovala německou armádu ze všech stran. Paralelně s boji na frontách druhé světové války probíhaly na území bývalého Československa partyzánské boje. První rezistenční skupiny na území Protektorátu se zformovaly takřka bezprostředně po jeho vzniku a v následujících letech proběhlo na Moravě několik stovek sabotáží.

Na Valašsku od léta 1942 působila odbojová skupina v okolí Hostýnských vrchů, která měla vazby na skupiny v okolí Brna a Ostravy. Další partyzánské skupiny byly v okolí Frýdku-Místku nebo Štramberku a působily pak i v okolí Rožnova pod Radhoštěm. Největší partyzánské boje začaly probíhat ale až v roce 1944 poté, co se zformovala 1. československá partyzánská brigáda Jana Žižky z členů, kterým se podařilo uprchnout přes slovenské hranice. Skupiny, které se chtěly dostat přes hranice, si často pomáhaly sabotážemi k odvedení pozornosti (například umístěním výbušniny ve Velkých Karlovicích na podzim 1944). Cílem bylo jak podpořit slovenské partyzánské skupiny ve Slovenském národním povstání, tak rozvíjet činnost skupin na Moravě.

Jakmile se partyzánský oddíl přesunul zpátky na Moravu, začalo docházet k častým střetům s německými četníky. Ke zmíněné brigádě se přidaly i další partyzánské jednotky. Útoky byly realizovány zejména na železničních kolejích, což znemožnilo provoz vlaků, nebo přestřiháváním drátů vedení byla zase znemožněna telefonická komunikace. Na podzim 1944 vznikl nový způsob partyzánského boje, a to přepady policejních stanic, na které policie okamžitě zareagovala. Na Vsetínsku proběhla rozsáhlá protipartyzánská akce s názvem Tetřev, která ale neskončila úspěšně navzdory tomu, že se povedlo zadržet a popravit několik příslušníků odboje. V souvislosti s odbojem se nesmí zapomenout ani na běžné obyvatelstvo, které odbojovou činnost podpořilo, ať už morálně či materiálně, a to i pod hrozbou perzekuce ze strany německých bezpečnostních složek.

V roce 1945 se partyzánské akce rozšířily takřka na celé území Protektorátu a jejich vyvrcholením bylo květnové povstání. Bezpečnostní složky se snažily tyto akce oplatit v několikanásobném měřítku až do posledních okamžiků války, avšak neúspěšně.